В начале 1984 года группа по расследованию в рамках Организации Объединенных Наций обнаружила факты использования Ираком химического оружия в ходе ирано-иракской войны, что противоречило положениям Женевского протокола от 1925 года. При этом выяснилось, что, по крайней мере, некоторые из исходных химических веществ и материалов для своей программы создания химического оружия Ирак импортировал через вполне легальные торговые каналы. В ответ на это несколько стран ввели систему контроля экспорта определенных химических веществ и материалов, которые могли бы быть использованы для производства химического оружия.
Введенные меры контроля оказались малоэффективны вследствие отсутствия в них единообразия, и вскоре стало очевидно, что предпринимаются попытки обойти их. В сложившейся ситуации Австралия предложила организовать совещание представителей стран с действующим на их территории экспортным контролем с целью согласования всех национальных правил лицензирования экспортной деятельности и повышения эффективности сотрудничества в этой области. Первое совещание группы представителей указанных государств, впоследствии ставшей известной как Австралийская группа, состоялось в июне 1985 года в Брюсселе. На этом совещании 14 стран-участниц и Европейская комиссия согласились в том, что есть смысл в дальнейшем исследовании возможностей действующего экспортного контроля и путей повышения его эффективности в плане предотвращения распространения химического вооружения.
С тех пор проходят регулярные встречи стран-участниц Группы, а ежегодное совещание проходит в Париже. Обсуждаемый Группой вопрос, связанный с объемом экспортного контроля, стал носить расширенный характер и в настоящее время включает меры по реагированию на возникающие угрозы и трудные ситуации. Свидетельства об импорте материалов двойного применения якобы для обычных целей и дальнейшего их использования в программах создания биологического оружия в начале 90-х годов привели к принятию странами-участницами Австралийской группы ограничений по экспорту вполне определенных биологических агентов. Разработанные Группой перечни веществ и материалов, подпадающих под экспортные ограничения, впоследствии были дополнены и стали включать технологии и оборудование, которые могут быть использованы для производства или применения химического или биологического оружия.
Число стран, принимающих участие в работе Австралийской группы, возросло с 15 в 1985 году до 42 в настоящее время плюс Европейская комиссия.